2021年4月16日，国家卫生健康委发布《关于设置国家传染病医学中心的通知》（国卫医函〔2021〕81号），根据《“十三五”国家医学中心及国家区域医疗中心设置规划》（国卫医发〔2017〕3号）和《国家医学中心和国家区域医疗中心设置实施方案》（国卫办医函〔2019〕45号），以首都医科大学附属北京地坛医院为依托设置国家传染病医学中心（北京）。

中心贯彻创新驱动发展战略和“2035年远景目标”，以传染性疾病防治的国家重点需求为导向，发挥国家医学中心在传染性疾病研究领域的龙头引领作用，开展前沿医学研究，强化医学研究基础平台建设，拓展交叉研究与科技创新视野，提升医院管理与精益运营效能，促进临床攻关与基础研究融合，推进技术产品应用与成果转化。建立并完善专业化的传染病临床研究公共服务平台，培育一批临床研究的领军人才、学科带头人和技术骨干，构建培养医学科技创新人才团队，加强领域科技交流合作。

中心科学研究方向包括质量控制与标准制定；新技术、新产品研发应用；基础研究与临床试验；科学探索与协同转化；搭建国家临床研究公共技术支撑平台。

本中心是国家卫生健康委批复的首批传染病医学中心之一，医院获批国家重大传染病防治基地、传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室，为临床研究国家级质量评价和促进中心（传染病领域）、国家及北京市感染性疾病医疗质量控制中心、北京市感染性疾病研究中心的依托单位，设立有国家微生物科学数据中心临床分中心、国家药物临床试验机构、病毒性传染病研究北京市重点实验室、第一批北京市示范性研究型病房等高水平研究创新平台，以及WHO艾滋病性病治疗与关怀综合管理合作中心、北京红丝带之家等权威机构。医院拥有国家临床重点专科（感染病科、检验科、重症医学科、神经外科、心内科），以及国家中医药管理局重点专科（中医肝病、中医传染病）、国家中医药管理局重点学科（中西医结合传染病），聚力打造高水平学科群。中心协同网络建设方面，中心主体医院地坛医院牵头成立地坛感染病专科联盟，为了构建国家级传染病防治体系，更有效发挥国家传染病医学中心在传染病领域的“示范、引领、辐射”作用，在地坛感染联盟的基础上建设成为国家传染病医学中心（北京）感染性疾病专科联盟，打造一支“同行、同质、同创”的联盟队伍，成员单位覆盖30个省市自治区、89家医疗机构。